Toda a região ao longo do São Francisco, no lado oeste da Bahia, virou um morgado dos Guedes de Brito, segundo latifúndio mais poderoso, depois da Casa da Torre. As duas Casas decidiram repartir entre si a ocupação das terras do Sertão do São Francisco, ficando os D’Ávilas com a parte norte. Decretaram guerra aos índios, que eles consideravam uma guerra contra pagãos, ou selvagens. Antes da chegada de Manuel Nunes Viana, essas terras já tinham sido doadas a Antônio Guedes de Brito, por volta do mês do agosto de 1693.
Investido na patente de Mestre de Campo, coube a Guedes de Brito desbravar o sertão do Vale do São Francisco, partindo com duzentos homens rumo ao vale. Morreu durante a missão e não conseguiu a tal pacificação, combatendo índios e negros aquilombados. Para o seu posto foi nomeado o General Mathias Cardoso de Almeida, que promoveu um verdadeiro massacre de índios e negros. Também, ainda antes de morrer, Antônio Guedes de Brito teria constituído Manoel Nunes Viana como procurador de suas duas filhas: Isabel e Joana Guedes de Brito. Coube a Manoel Nunes Viana estender os domínios dos Guedes de Brito, do Morro do Chapéu à Sabarabuçu, hoje Sabará, em Minas Gerais.
Em 1709, foi fundada a vila de San Joze de Carunhenha, onde foi montado o seu quartel general. Em 17 de novembro, Manoel Nunes Viana seguiu para a Capitania de São Vicente, onde lutou na Guerra dos Emboabas, retornando em 1712, seguindo a rota do ouro pelo Rio das Velhas, afluente do São Francisco. Finalmente, a Sesmaria de São José de Carinhanha foi doada ao sesmeiro Athanásio de Siqueira Brandão. Segundo o livro Tombo do Arcebispado de Pernambuco, a Freguesia de São José de Carinhanha foi instalada por Portaria de 06 de agosto de 1806, quando pertencia à Diocese de Pernambuco, pelo Bispo Azeredo Coutinho. Em 25 de maio de 1854, por decreto da Sagrada Congregação Consistorial, a Freguesia é desmembrada da Diocese de Pernambuco e incorporada à da Bahia. Em 1913, Carinhanha passou à categoria de Freguesia de São José de Carinhanha, pertencente à Comarca do Rio São Francisco, e foi elevada à categoria de vila em 20 de abril de 1832, sendo inaugurada em 1834. A emancipação do município só ocorreu em 17 de agosto de 1909, duzentos anos após a chegada de Manuel Nunes Viana, por força do Decreto Lei nº 762, sendo desmembrada do município de Barra do Rio Grande.
Curiosidade é sobre o nome do local. O significado mais plausível para Carunhanha, o primeiro nome, é “lugar dos sapos”. Outros preferem atribuir à grande quantidade de aves com o nome de “Carunhenha” existentes no lugar, hoje raramente encontradas nas margens das lagoas. Há uma terceira versão menos improvável que trata da existência de uma índia de nome Nhanha que, com a junção de um peixe, carí, formaria “Cainhanha”. Seja qual for a versão, hoje, Carinhanha é um município pujante, pertencente à Região Econômica do Médio São Francisco, com a cidade localizada à margem esquerda do rio São Francisco, na divisa com o Estado de Minas Gerais. Faz divisa com município mineiro de Juvenília e com os baianos Serra do Ramalho, Malhada, Feira da Mata, Coribe e São Félix do Coribe. A distância de Salvador é de 784 kms. Sua área total é 2.529,445 km², com uma população em 2022 de 28.869 pessoas, com 11,4 habitantes por km².
Dados governamentais indicam que Carinhanha possui a metade da população na zona rural, com concentração nas comunidades de Marrequeiro, Agrovila 15, Agrovila 16, Agrovila 23, Feirinha Vila São João, Barra do Parateca, Feirinha de Santa Luzia, Vila são Jose, Barrinha, Angico, Queimada e Estreito Capinão. A agricultura é a base de sua economia, mas tem potencial para o turismo, ainda parcialmente explorado. É servido pela BR 030 e pela BA 161, ligando-se ao município de Malhada, que fica na outra margem do São Francisco, por uma vistosa ponte. É possível encontrar quase tudo em Carinhanha. Seu comércio é bem distribuído e os preços não são de expulsar turistas. Além disso, seu povo é acolhedor e divertido.
